В 1990 году государством был принят весьма либеральный закон «О свободе совести», фактически отменивший государственное регулирование церковной жизни. На тот момент Русская православная церковь (РПЦ) не имела существенных привилегий по сравнению с другими мировыми религиями, движениями и христианскими конфессиями. Если она и помышляла тогда о проникновении в различные сферы государственной и общественной жизни (школы, учреждения, армию), то лишь тайно. Финансирование церкви было ничтожным, религия - частным делом граждан.

Стремление во всем подражать Западу и по его образцу строить новую страну (эту точку зрения поддерживали около 70% россиян) в 1991-1992 годах сменилось на представление об особом пути России. Это дало возможность РПЦ выйти на первые роли - подчеркнуто официальное участие лидеров страны в праздничных церковных богослужениях фактически поставило православие на место государственной религии, хотя это не зафиксировано ни одним официальным документом. По данным Московской патриархии, православными сегодня считают себя около 70% россиян, хотя эксперты находят эти оценки сильно завышенными. Число «активных» верующих и вовсе невелико.

Другим фактором возникновения религиозных фобий стало развязывание первой чеченской войны. В средствах массовой информации тогда впервые получили хождение настойчиво распространяемые проправительственными и пропрезидентскими службами заявления о ваххабизме как экстремистском течении ислама. Во вторую чеченскую кампанию этот тезис дополнился рассуждениями о противостоянии России и исламского терроризма, концентрирующегося в Чечне.

Значительная часть населения легко поддалась на эти простые, вполне укладывающиеся в сознание стереотипы - к концу 90-х годов даже в среде интеллигенции раздавались голоса о необходимости «разорить гнездо бандитизма». Раздражение, которое вызывали многочисленные выходцы из кавказских республик бывшего СССР, переросло в очередную фобию по отношению к исповедующим мусульманство.

Свидетельством нарастания религиозных предрассудков и жестокости могут служить недавние преследования чиновниками и обычными горожанами мусульманской общины в Петрозаводске. Членов ее ретивые не в меру горожане обвинили чуть ли не в терроризме и религиозном экстремизме. Впрочем, желание поставить знак равенства между исламом и терроризмом в устах обывателей еще объяснимо. Но когда с подобными заявлениями выступают официальные лица, это уже более похоже на государственную политику притеснения инакомыслящих. И здесь государственные структуры с лихвой опережают некоторых слишком радеющих за чистоту православия священников.

Принятый в 1997 году Федеральный закон «О свободе совести и религиозных организациях» ярко ознаменовал эту тенденцию: разделение религий на «традиционные» и «нетрадиционные», «централизованные» и «нецентрализованные» фактически закрепило привилегированный статус за православием, а также исламом, буддизмом и иудаизмом. Однако, как считают специалисты (С.Филатов, Р.Лункин), воспользоваться в полной мере этим статусом способна лишь РПЦ. Другие конфессии (а их более ста), причем некоторые насчитывают сотни тысяч последователей и десятки лет истории в России, в расчет словно бы и не принимаются, хотя все так называемые мировые религии начинались как секты.

На бытовом уровне принятие этого закона подвело базу под борьбу с иностранными миссионерами, в которых многие вдруг узрели шпионов ЦРУ. Баптистов стали называть «врагами русского народа» и подвергать обструкции со стороны провластных СМИ и даже физическому насилию. В разное время преследованиям подвергались Свидетели Иеговы (Москва), члены харизматических центров «Новое поколение» (Ярославль) и «Прославление» (Абакан) и даже сотрудники лютеранской миссии (пос. Туим). Исламофобия же, как считает востоковед С. Панарин, вообще «все более грозит сделаться глубоко интериоризированным элементом сознания всего русского этноса».

По мнению Алексея Малашенко, члена научного совета Московского центра Карнеги, в нынешней России для распространения религиозной нетерпимости сложились весьма благоприятные условия. Он считает, что для ее смягчения (об устранении говорить не приходится) «необходимы общие усилия политиков, экспертов, представителей духовенства, от которых требуются не только объективность, постоянная тактичность, но и глубокое проникновение в суть каждого отдельно связанного с ксенофобскими чувствами вопроса».